SIDE6沉浸在一片安宜祥和的气氛中，这里远离战场，几乎从未发生过什么战事，驻守在这儿的联邦军的部队也并不多，，这一点，并不使少年阿尔高兴，因为他是一个军事迷，渴望看一下激烈的战斗场面。一日阿尔正与朋友们交流时，殖民地内发生了骚动，这是由吉翁的小股侦察部队与联邦发生的冲突所引致，不久，一架受了伤的扎克（改），掠过阿尔的上空，坠落在离他不远的林间草坪上。 被击落的吉恩新兵巴尼，用自己的军衔章换取了阿尔的摄影机磁卡，这里面记录有阿尔从联邦的工厂里到的MS组装画面。此外，还有几日前从地球搬来的阿尔家的邻居红发女郎克丽丝的倩影。巴尼获取的情报，引起了吉翁军的注意，他们立即组建了一支突击小队，执行破坏高达的任务。于是，巴尼所在的小队，依靠一场小规模的战斗的混乱，再度潜入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次与阿尔相遇。 理想成为MS驾驶员的少年阿尔，自愿为吉恩突击小队侦察联邦军的秘密基地的位置，并与监视他的青年巴尼成为了好友。一日，巴尼在阿尔的窗下与克丽丝邂逅，这为巴尼的监视任务带来一分情趣。同时，在突击小队的秘密仓库中，对高达用新型MS--京宝梵正在组装中，计划在圣诞节前，完成破坏NT1阿历克斯的任务。一切准备工作完成后，破坏高达作战展开，由吉翁老兵驾驶的京宝梵，将驻守的联邦部队打得落花流水，并与突击小队配合，很快到达了停放阿历克斯的秘密工厂，阿历克斯NT-1仓促应战，并以性能的优势将京宝梵击败。至此，吉恩突击小队作战失败，小队除巴尼以外全员战死。 吉恩突击小队作战失败后，小队唯一幸存者巴尼接到了立即撤离SIDE6的指示。因为吉恩军没有机会再组织力量破坏高达，于是他们打算圣诞夜之前，用核弹摧毁整个宇宙殖民地。巴尼得知消息后，要求阿鲁立即通知家人与克丽丝尽早离开殖民地，但遭到阿尔的反对。阿尔希望自己心中的优秀驾驶员巴尼，能击溃阿历克斯挽救殖民地的命运，于是巴尼只得一个独自离开。 警方无法相信阿尔的报警，置之不理。同时，吉翁军搭载核弹头的攻击舰已驶离母舰。阿鲁面对朋友与家人几欲绝望，此刻在机场，巴尼正犹豫不决，最终，他下定决心，为了阿尔与心爱的克丽丝，以及殖民地的人们，向阿历克斯发出最后的挑战。在阿鲁的协助下，他修复了初次袭击SIDE6时被击落的扎克，用唯一的武器--能量斧对NT1发起了攻击。与此同时，阿尔从父亲的口中得知了吉恩军将于数日后签定终战协议，他飞奔着跑向巴尼战斗的地方，但在他面前支离破碎的NT-1的光束剑，已刺穿了扎克的座舱。而救护人员从NT1的座舱中抢救出的联邦驾驶员那一头似曾相识的秀丽的红发，更使阿尔呆住了......